Площадь ГО 6,0 тыс.км². ГО почти полностью расположен в Уральской складчатой стране, за исключением небольшой юго-западной части в верховьях р.Бурли, относящейся к Предуралью. 
Геологическое строение ГО очень неоднородно. Западная часть ГО до линии Кувандык – устье Киндерли лежит в зоне передовых складок Урала с классическими проявлениями изоклинальной складчатости. Эта зона сложена каменноугольными-нижнепермскими породами с линзами конгломератов и рифовых известняков. Поверхность этой территории характеризуется преобладанием грядово-увалистого и грядово-холмистого складчатого рельефа. Восточная граница передовых складок совпадает с крупным разломом – Сакмарским надвигом, к востоку от которого расположено Центрально-Уральское поднятие. Его осевая часть состоит из докембрийских метаморфических пород, обрамляемых вулканическими и осадочными отложениями от ордовинских до девонских. Орографически в Центрально-Уральском поднятии обособлены природные подГОы: хребет Шайтантау, Присакмарский и Приуральский (Губерлинские горы) мелкосопочник и Саринское плато, которое покрыто континентальными и морскими отложениями меловой и палеогеновой систем. 
В ландшафтном отношении северо-запад Саринского плато, Присакмарский мелкосопочник, хребет Шайтантау и северная часть зоны передовых складок относятся к лесостепной зоне Южно-Уральской горной области. Хорошая обнаженность горных пород определяет большое число типовых и опорных геологических разрезов. 
В силу высокого расчленения поверхности ГО является одним из наименее распаханных, доля пашни составляет около 30%. Лесные массивы, представленные байрачными и нагорными березово-осиновыми и дубово-липовыми колками, распространены преимущественно к северу от Кувандыка и полосой по окраине Саринского плато. Значительную площадь занимают пойменные тополевники вдоль Урала и Сакмары. Общая лесистость составляет около 5%, сенокосы и пастбища занимают 52% территории ГО. 
В Кувандыкском ГО наблюдается экологическая ситуация, характерная для большинства регионов Южного Урала – контрастное сочетание малонарушенных природных экосистем и катастрофически трансформированных промышленным производством территорий. Предприятия городов Кувандык и Медногорск являются одними из наиболее главных источников загрязнения окружающей среды в Оренбургской области. Остается нерешенной проблема формирования ареалов геохимического загрязнения в результате разработки медноколчеданных месторождений, они и в рекультивированном состоянии остаются поставщиками тяжелых металлов в природные комплексы. 
Памятники природы занимают 5291,15 га, или 0,88% от территории ГО. Из них около 85% приходится на крупный участок уникального гипсово-карстового ландшафта – Кзыладырское карстовое поле (3600 га). По различным причинам не получили согласования от землепользователей при оформлении охранных обязательств на объекты «Разрез Блявинского колчеданного месторождения» (45,0 га), «Опорный разрез "Блявинская железнодорожная выемка"» (10,0 га), «Разрез Рысаевского карьера» (0,25 га), «Шапка Мономаха» (25,0 га), «Гора Тырмантау» (20,0 га), «Озеро Меклеколь» (1,0 га), «Блявтамакский вулкан» (400,0 га). 
Охране как минимум в статусе памятника природы областного значения подлежит ряд объектов: эталонный участок разнотравно-ковыльной степи – Шубинская степь (350 га), известняковый риф Шапка Мономаха (25 га), Сантемировский затон на р.Урал (6 га), Кураганский дубовый лес (197 га) – юго-восточный форпост распространения дуба черешчатого. 
С 1989 года в составе государственного заповедника «Оренбургский» функционирует участок «Айтуарская степь» площадью 6753 га. Проекты организации заповедника «Шайтантау» на площади 9521 га подготовлены в 1991-1992 годах, позднее дорабатывались в 1994-1995 годах. 
Таким образом, совокупная площадь федеральных и областных ООПТ в Кувандыкском ГО составляет 11041,65 га, или 1,84%, а с учетом перспектив создания заповедника «Шайтантау» достигает 3,43% от территории. 
Местное значение имеют многочисленные объекты: геологические – горы Амханай, Вишневая и Тагиртау, Усть-Киндерлинский утес, стратотипы подгоркинской, поимской и утягуловской свит, Кзыладырские рудники; гидрогеологические – родники Веселый, Золотая Рыбка, Жангызагаш и многие другие; гидрологические – озеро Отрадное и Кучукбайские озерные плесы, ландшафтно-ботанические – Саринский и Бульярский леса, колок Ивет-Каратал, черноольшаник Жангызагаш, Суринская и Чукаринская реликтовые сосны, а также урочища Безбеир, Суюндук-Сай, Каменные ворота, Саринские облесенные блюдца.

Фотоальбом